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Während die Prozedur der Diagnostik von der Fixierung bis zum fertigen Präparat in der Regel etwa 24 Stunden benötigt, muss im Rahmen der Schnellschnittdiagnostik ein Präparat innerhalb von fünf Minuten hergestellt und bewertet werden. Schnellschnitte werden typischerweise während einer laufenden Operation angefordert, wenn der Chirurg wichtige Informationen benötigt, um über den Fortgang und Umfang der Operation zu entscheiden.
Während der Zeit bis zur telefonischen Durchsage der histopathologischen Diagnose durch einen Facharzt bleibt der Patient in Narkose. Ein Beispiel für häufige Schnellschnittuntersuchungen ist zum Beispiel die Frage, ob Lymphknoten durch einen Tumor befallen sind, oder ob ein Tumor vollständig entfernt wurde. Der Vorteil der viel größeren Geschwindigkeit muss bei der für den Schnellschnitt notwendigen Schnelleinbettung durch eine schlechtere Gewebserhaltung erkauft werden.
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